Członek Institute for Advanced Study, Princeton,The Association of Members of the Institute for Advanced Study (AMIAS), USA; Alumni-Club Universität Münster; Societas Humboldtiana Polonorum; DAAD Alumni-Verein. Członek Komisji Orientalistycznej Polskiej Akademii Nauk w Krakowie; Komisji Archeologicznej PAN w Krakowie; Polskiego Towarzystwa Historycznego; Societas Europea Iranologica; Stowarzyszenia Historyków Starożytności (SHS) w Polsce.
Wielokrotny stypendysta DAAD, laureat grantów naukowych Alexander-von-Humboldt-Stiftung i stypendiów Fundacji Lanckorońskich. Visiting Professor i wykładowca m.in. w Londynie (School of African and Oriental Studies/SOAS), Münster, Nowym Jorku, Princeton, Teheranie, Petersburgu, Taszkiencie, Symferopolu, Berlinie, Florencji, Wenecji, Mediolanie, Atenach i Tbilisi. Brał udział w ponad 120 zagranicznych konferencjach naukowych oraz ponad 30 konferencjach w Polsce. Kierownik kilku grantów naukowych mających na celu badanie dziejów i kultury Iranu, Azji Środkowej i krajów Azji Zachodniej.
W lipcu 2015 roku Marek Jan Olbrycht otrzymał akt nominacji z tytułem profesora zwyczajnego.