W prawyborach w listopadzie 2012 pokonał Ricardo Álvarez, burmistrza Tegucigalpy, stając się kandydatem PNH w wyborach prezydenckich w 2013. W czasie kampanii wyborczej zobowiązał się do stworzenia nowych programów socjalnych zapewniających większą pomoc materialną dla najbiedniejszych oraz lepszą jakość usług komunalnych. Zapowiadał zmiany w dziedzinie szkolnictwa, mające na celu zwiększenie poziomu powszechności edukacji, a także podejmowanie działań na rzecz walki z przestępczością, stanowiącą jedną z głównych problemów kraju. Proponował w tym celu powołanie specjalnych jednostek policji wojskowej.
W wyborach prezydenckich z 24 listopada 2013 zajął pierwsze miejsce, uzyskując 36,9% głosów poparcia. Jego główną rywalką była Xiomara Castro, małżonka byłego prezydenta Manuela Zelayi (obalonego w 2009 w wyniku zamachu stanu), która z wynikiem 28,8% głosów zajęła drugie miejsce.