Jelenioborze jest ciągle przeklęte, a dzieci rodzą się bez duszy. Wielu ludzi wini animantów, naukowców badających dusze. Protagonista wędruje do Zatoki Buntu. Tam, po odnalezieniu siedziby bractwa, Widzący odkrywa, że dusze zostały skradzione przez bractwo Ołowianego Klucza, prowadzone przez Thaosa. Ujawnia te fakty publicznie, lecz jego wysiłki zostają zniweczone przez przywódcę bractwa, który doprowadza do zamieszek.
Obserwator w poszukiwaniu Thaosa trafia do miasta Bliźniacze Wiązy i poznaje szczegóły jego planów. Jest on ostatnim członkiem grupy starożytnych animantów, którzy stworzyli bogów. Jego zadaniem jest utrzymanie tej wiedzy w tajemnicy, tak żeby ludzie nie przestali w nich wierzyć. Protagonista ostatecznie zabija Thaosa. Los uwięzionych dusz zależy od wyboru gracza.
Rozgrywka Pillars of Eternity jest komputerową grą fabularną, w której gracz steruje drużyną bohaterów widzianą z rzutu izometrycznego. Rozgrywka rozpoczyna się od stworzenia własnej postaci poprzez wybór między innymi rasy, klasy czy wyglądu. Gracz może posiadać maksymalnie sześć osób w swojej drużynie. Podczas gry możliwa jest rozmowa z napotkanymi osobami. Niektóre z nich mogą zlecić graczowi zadania.