Nowe zmiany genetyczne możliwe są tylko podczas hodowli in vitro. Ze względu na dużą szybkość podziału komórkowego występowały duże ilości błędów podczas odczytywania kodu genetycznego w komórkach rakowych kalusa roślin. Prowadzi to zazwyczaj do aneuploidii lub innych mutacji. Zmiany te są odpowiedzialne za typowe cechy zmienności somaklonalnej podczas późniejszego odtworzenia za pomocą organogenezy narządów lub całych roślin z tkanek kalusów. Ponadto podczas hodowli in vitro istnieje związek między stabilnością genetyczną a tkanką wyjściową potrzebną do odtworzenia materiału. Zatem bezpośrednie odtwarzanie z istniejących tkanek merystematycznych jest uznane za genetycznie stabilne. Pierwsze zmiany genetyczne powstają dopiero przy wtórnej tkance merystemu. Rodzaj i ilość tych zmian nasila się wraz z wielokrotnością prób odtwarzania tkanki w kulturze in vitro z pierwotnych w kierunku wtórnych procesów odtwarzania tkanek. W roślinach zmienność somaklonalna następuje w czasie upraw końcówek pędów lub merystemów lub innych części pędów. Celem propagacji klonalnej jest produkcja genetycznie stabilnego oraz identycznego potomstwa.