Intencją nie jest, zwłaszcza w zastosowaniach komercyjnych, duża ilość rozmnażanych klonów tylko możliwe dokładne odtworzenie rzeczywistego stanu genów z jednoczesnym minimalizowaniem patogenów.
Pozostałe możliwości powstawania zmienności somaklonalnej Oprócz opisanych wyżej bezpośrednich przyczyn zmian genomu występują inne złożone przyczyny. Zmienność somaklonalna może być również uwarunkowana epigenetycznie. Oznacza to, że mogą następować zmiany powodujące inne zmiany genetyczne, pomimo że genom pozostaje niezmieniony. Przykładem może być zmiana w przemianie metabolicznej w szczególności w obszarze fitohormonalnym. Dla roślin w hodowli ex vitro istnieje również możliwość zaistnienia tego czynnika, między innymi w karłowatych roślinach owocowych lub silnie rozgałęzionych roślinach wilczomlecza. Ponadto możliwe są również inne rzadko spotykane niepożądane zmiany np. tak zwanymi "skaczącymi genami" (transpozon). Zatem przyczyną zmienności somaklonalnej są zarówno czynniki genetyczne jak i niegenetyczne oraz cała mnogość czynników płynnie przenikających jedno i drugie.