Na terenie powiatu puckiego ks. Witkowski zorganizował piętnaście placówek Czytelni Ludowych oraz liczne kółka rolnicze. Zainicjował utworzenie polskiego Banku Ludowego w Pucku (1907), a następnie wszedł w skład jego pierwszego zarządu. Był także założycielem i prezesem Towarzystwa Rolniczego w powiecie puckim. Starał się przeciwdziałać przejmowaniu polskich gospodarstw przez Niemców. Aktywna działalność społeczno-polityczna, a także talenty kaznodziejskie, zyskały mu szybko dużą popularność wśród miejscowej ludności kaszubskiej. W latach 1913–1918 ks. Witkowski był posłem na Sejm Pruski z okręgu Wejherowo-Puck-Kartuzy (z ramienia listy polskiej). Występował wówczas wielokrotnie w obronie praw narodowościowych i gospodarczych ludności polskiej. Po wybuchu rewolucji w Niemczech został prezesem Rady Ludowej na powiat pucki (1919).
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości kontynuował działalność społeczno-polityczną. Był posłem na Sejm Ustawodawczy z ramienia Związku Ludowo-Narodowego (1920–1922). W latach 1920–1930 był także członkiem wydziału powiatowego i zastępcą starosty puckiego. Ponadto pełnił funkcję dziekana dekanatu puckiego oraz piastował godność kanonika honorowego Kapituły Chełmińskiej w Pelplinie.