Ze względów zdrowotnych tymczasowo powrócił do kraju, gdzie został mianowany dyrektorem administracyjnym i wykładowcą w Katolickim Ośrodku Studiów Społecznych w Lipnicy Murowanej, a także administratorem Parafii św. Andrzeja w Lipnicy Murowanej. W latach 2000–2010 pełnił funkcję dyrektora krajowego Papieskich Dzieł Misyjnych w Polsce, będąc jednocześnie redaktorem naczelnym czasopism „Misje Dzisiaj”, „Świat Misyjny”, „Światło Narodów”, wydawanych przez Papieskie Dzieła Misyjne. W latach 2003–2009 był członkiem Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów. Ponadto piastował stanowiska konsultora Komisji Episkopatu Polski ds. Misji (2001–2011 i od 2012) oraz sekretarza Krajowej Rady Misyjnej (2005–2010). W 2009 został ustanowiony proboszczem Parafii św. Małgorzaty w Nowym Sączu. Objął funkcję dziekana dekanatu Nowy Sącz-Centrum, a ponadto wszedł w skład rady duszpasterskiej i rady kapłańskiej. W 2004 papież Jan Paweł II obdarzył go godnością kapelana Jego Świątobliwości. Został ponadto mianowany prepozytem Kapituły Kolegiackiej w Nowym Sączu.