Świadkiem przeciwko Balboi w obu tych sprawach był Francisco Pizarro, który zresztą dokonał też jego aresztowania. Więźnia oskarżono również o ścinanie drzew na budowę nowej osady bez pozwolenia Pedráriasa.

Balboę i jego czterech towarzyszy ścięto na głównym placu Acli w styczniu 1519 roku. Ich głowy przez kilka dni były wystawione na włóczniach.

Balboa w oczach innych Balboa potrafił postępować z autochtonami, zdobywając w ten sposób przyjaźń kilku miejscowych wodzów, którzy przyjęli chrzest. Dzięki temu został ostrzeżony przez Indiankę Fulvię o przygotowywanej rewolcie tubylców, podobnie jak Cortés przez Malinche 10 lat później w Cholula. Żołnierze twierdzili, że był dobrym człowiekiem i dowódcą, gdyż dzieląc zawsze dolę i niedolę ze swymi podkomendnymi nie chciał opuszczać chorych i rannych, których w szeregach ekspedycji była spora liczba. Potwierdza to historyk Gonzalo Fernández de Oviedo:

Upamiętnienie Od jego nazwiska pochodzi nazwa panamskiej waluty – balboa.Jego wizerunek umieszczony był na licznych panamskich monetach obiegowych.