Tymczasem Balboa na barkach Indian przetransportował do Zatoki św. Michała materiały i osprzęt okrętowy, aby zbudować cztery brygantyny. Na ich pokładzie chciał dotrzeć do legendarnego królestwa Biru, lecz na przeszkodzie stanęła burza. W efekcie był zmuszony zawrócić do Darién, dokąd wkrótce przybyła flotylla Pedráriasa, z rozkazu którego Balboa został aresztowany pod zarzutem buntu przeciw władzy. Dopiero rewolta wśród ciemiężonych Indian zmusiła Pedráriasa, który zdążył zyskać przydomek "Tygrysa Przesmyku", do wypuszczenia konkwistadora na wolność. Ten – po uśmierzeniu powstania krajowców – udał się na odkryte przez siebie wybrzeże w celu założenia tam osady o nazwie Panama. Stamtąd rozpoczął przygotowania do ostatecznego podboju Biru.
Śmierć Balboi Wieści o tym zostały przekazane Pedráriasowi, który postanowił pozbyć się rywala, zwłaszcza, że wypuszczając go z więzienia obiecał oddać Balboi rękę swojej córki, czego nie miał zamiaru robić. Wezwał go więc do siebie, a gdy ten, nie podejrzewając podstępu, znalazł się w porcie Acla, leżącym na terytorium zaprzyjaźnionego z nim kacyka Careta, został aresztowany i osadzony w więzieniu, gdzie przez kilka miesięcy czekał na proces. Wśród zarzutów było wyłamywanie się spod władzy królewskiej, przy okazji powrócono do zatargu z Enciso.