Podczas II wojny światowej schroniskiem zarządzał nadal jego przedwojenny dzierżawca, Emil Girsig, znany ze swej antypolskiej postawy. W początkowym okresie turyści nadal chętnie odwiedzali Klimczok. Zimą na stokach Klimczoka jeździli na nartach bielscy Niemcy, a do czasu konfiskaty przez okupanta nart - również Polacy, członkowie przedwojennych klubów sportowych i turystycznych. W jeździe na nartach szkolili się tutaj żołnierze Wehrmachtu, a w 1942 w schronisku zainstalował się posterunek obserwacyjny Luftwaffe. Dzierżawca obiektu nie miał więc powodów do narzekań na brak dochodów, do tego stopnia, że po drugiej stronie szczytu Magury ukończył budowę kolejnego schroniska turystycznego, znanego pod nazwą „Magura-Kąpielisko”.
Jesienią 1944, w obliczu zbliżającego się frontu, Niemcy włączyli schronisko w system umocnień biegnących od Magury przez Klimczok, Szyndzielnię, Trzy Kopce i Błatnią po Skoczów. Budynek obsadził Wehrmacht, a Giersig, jego dzierżawca, uciekł na zachódMianowski Tomasz: Schroniska górskie w Karpatach Polskich w latach 1939-1945, Wydawnictwo PTTK „Kraj”, Warszawa-Kraków 1987, s. 160-162, . Po zdobyciu Bielska przez Armię Czerwoną 12 lutego 1945, linia frontu utrzymywała się na grzbiecie Magury i Klimczoka przez ponad sześć tygodni.