Zasługą Filippo było natomiast stworzenie klasyfikacji skorup i muszli, która była później wykorzystywana przez wielu uczonych. Znacznym osiągnięciem było również stworzenie dokładnych rycin przedstawiających owady i mięczaki, były one uważane za najdokładniejsze ze wszystkich powstałych w XVII wieku. W 1720 roku opublikował kolejną pracę dotyczącą lakieru, opisywał w niej różne ich rodzaje i ich zastosowania. Praca ta była później wielokrotnie tłumaczona na inne języki i wykorzystywana przez producentów przez kilka stuleciPerugini Flavia, Techniques of Chinese Lacquer: The Classic Eighteenth-Century Treastise on Asian Varnish, J. Paul Getty Museum, 2009..
Prace
Ricreatione dell’occhio e della mente nell’osseruation’ delle chiocciole proposta a’curiosi delle opere della natura, 1681 – była to pierwsza praca poświęcona skorupom i muszlom. Observationes circa viventia, qua in rebus non viventibus reperiuntur cum micrographia curiosa, 1691 – były to wyniki badań prowadzonych przy użyciu mikroskopu, Bonanni próbował udowodnić słuszność teorii samorództwa.