Od tego czasu tlił się konflikt między Dinkami i Nuerami, mimo iż oszukany przez władze sudańskie Machar stojący wówczas na czele Sił Obronnych Sudanu Południowego (SSDF) ponownie w 2002 przystąpił do powstania prowadzonego przez Dinków, łącząc siły SPLA i SSDF.
Tak więc, Sudan Południowy to kraj targany przez konflikty etniczne jeszcze sprzed czasu proklamacji niepodległości, co nastąpiło 9 lipca 2011. W siedmiu z dziesięciu stanów toczyły się walki między członkami plemienia Misserija, Murle, Dinka oraz Nuerami. Oprócz waśni etnicznych Siły Zbrojne Sudanu Południowego były stale niepokojone buntami generałów wywodzących się z różnych plemion. Na samym początku bunt wzniecił gen. George’a Athora z plemienia Murle stojącego na czele Demokratycznego Ruch Sudanu Południowego (SSDM), następnie Peter Gadet z Nuerów, przywódca Armii Wyzwolenia Sudanu Południowego (SSLA), a także David Yau Yau z Murle.