W 1899 r. według projektu A. Łatkowa po raz kolejny przebudowana została cerkiew św. Aleksego. W 1907 r. w monasterze żyło 51 mniszek i 47 posłusznic.
Po 1917 Po rewolucji październikowej mniszkom odebrano część kompleksu monasterskiego, w którym rozlokowano robotników. Klasztor został ostatecznie zamknięty w 1924 r. Cała wspólnota została wysiedlona, zniszczony został monasterski cmentarz, zamknięto także wszystkie cerkwie. Świątynie zaadaptowano do celów świeckich: w cerkwi św. Aleksego rozlokowano Dom Pionierów. Cerkiew Wszystkich Świętych od lat 60. do 1989 r. pełniła funkcje archiwum i fabryki. Zniszczony został budynek szpitala monasterskiego z jego domową cerkwią oraz cerkiew Podwyższenia Krzyża Pańskiego.
Wysiedlone mniszki żyły w grupach w prywatnych mieszkaniach, starały się w miarę możliwości kontynuować życie monastyczne według dawnej reguły. Część zakonnic opuściła Moskwę. Jedna z grup do 1931 r. żyła w budynku na terenie dawnego klasztoru. Mniszki te w 1931 r. zostały skazane na zesłanie. Dwie byłe mieszkanki monasteru św. Aleksego, mniszki Wassa i Tatjana, zostały rozstrzelane.