Po upadku ZSRR Cerkiew Wszystkich Świętych została zwrócona Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu i ponownie przystosowana do celów sakralnych w 1991 r. Jest to świątynia dwupoziomowa z dolną cerkwią Kazańskiej Ikony Matki Bożej, a od 2002 także z lewym ołtarzem św. Aleksego. W 2006 r. kompleks cerkiewny otrzymał status patriarszego metochionu, zaś w 2013 r, Święty Synod reaktywował monaster św. Aleksego.
Związani z monasterem W monasterze św. Aleksego żyła jako mniszka była małżonka Nikity Minowa, późniejszego patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Nikona. Złożyła ona śluby mnisze przekonana do tego przez męża – białego duchownego, który postanowił wstąpić do monasteru. Jako schimniszka nosiła imię zakonne Taisa.
Mniszkami w monasterze św. Aleksego były dwie pierwsze przełożone monasteru św. Marii Magdaleny w Wilnie: ihumenie Flawiana i Antonina. Z moskiewskiej wspólnoty pochodziła także Eupraksja (Miłowidowa), współtwórczyni monasteru Wniebowstąpienia Pańskiego na Górze Oliwnej, przełożona monasteru św. Nikity w Moskwie ihumenia Paisja oraz pierwsza przełożona monasteru Trójcy Świętej i św.