5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło – decyzją nr 439/MON – mianował go pośmiertnie na stopień pułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Upamiętnienie Edward i Roman Peszkowscy zostali upamiętnieni symbolicznymi inskrypcjami na grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Pobitno w Rzeszowie.
Staraniem kuzyna po mieczu obu braci, kapelana „Rodzin Katyńskich” Zdzisława Peszkowskiego, na kościele św. Karola Boromeusza w Warszawie zawisła tablica ich upamiętniająca.
18 kwietnia 2009, w ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, w tzw. Alei Katyńskiej na Cmentarzu Centralnym w Sanoku zostało zasadzonych 21 Dębów PamięciKrystyna Chowaniec, Patron sanockiego harcerstwa – ksiądz harcmistrz Zdzisław Peszkowski, Rocznik Sanocki Tom X – Rok 2011, Sanok 2011, s.