W roku 1990, razem z Irene Martínez i Andrésem Fonsecą tworzy grupę Mandinga. Dzięki nim zapoznaje się z muzyką taneczną, w tym przede wszystkim z danzonem, których znamienity cykl zacznie powstawać już cztery lata później. Poprzedzone to zostało jednak kompozycją Son a Tamayo, która zbliżyła Marqueza do regionu Veracruz.
Na zamówienie Orkiestry Symfonicznej Narodowego Uniwersytetu Autonomicznego Meksyku w roku 1994 powstaje chyba najsłynniejsza kompozycja Marqueza - Danzon No. 2. Jak sam autor podkreśla - trwające w czasie tworzenia powstanie Zapatystów, w stanie Chiapas znajduje odzwierciedlenie w utworze oraz jego stosunku do ludności tubylczej. W 1998 roku komponuje Máscaras na harfę i orkiestrę (dedykowane Lidii Tamayo), na które składają się cztery tańce: Máscara Flor (poświęcony dzieciom zamordowanym w Acteal), Máscara Son, La Pasión según San Juan de Letrán i La Pasión según Marcos.
Rok 2005 to kompozycja i premiera Sueños, kantaty scenicznej na chór, tancerzy, aktorów, mezzosopran, baryton i orkiestrę.