Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie, oskarżając Chachlicę o przynależność do NOW i współpracę z Radą Polityczną, skazał go 27 lipca 1953 na „karę śmierci z utratą praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na zawsze i przepadkiem całego mienia na rzecz Skarbu Państwa”. Sąd orzekał w składzie: Mieczysław Widaj (przewodniczący), Roman Waląg (sędzia wotant, pułkownik LWP, od 30 grudnia 1952 do 30 kwietnia 1955 szef WSR w Krakowie) i Bazyli Mielnik (sędzia wotant, podpułkownik LWP, od 5 stycznia 1953 do 30 kwietnia 1955 sędzia WSR w Krakowie). Oskarżycielem w procesie był Stanisław Zarakowski z Naczelnej Prokuratury Wojskowej, obrońcą (z urzędu) – Kazimierz Ostrowski. Razem z Edwardem Chachlicą na karę śmierci skazano Michała Kowalika i księdza Józefa Lelitę. Pozostałym oskarżonym wymierzono następujące kary: ks. Wit Modest Brzycki otrzymał 15 lat więzienia, ks. Franciszek Szymonek dożywocie, ks. Jan Pochopień 8 lat, a Stefania Rospond 6 lat więzienia.