Orzeczonych kar śmierci nie wykonano – wyroki zostały zamienione decyzją Rady Państwa z 18 sierpnia 1953 na karę dożywotniego więzienia. Postanowieniem Wojskowego Sądu Garnizonowego w Krakowie z 9 maja 1956 na mocy przepisów ustawy o amnestii z 27 kwietnia 1956 Chachlicy orzeczoną karę złagodzono do 12 lat więzienia. Ze względu na zaawansowaną gruźlicę otrzymał urlop zdrowotny i został (początkowo czasowo – do maja 1957) zwolniony z więzienia 22 listopada 1956.
Postanowieniem Zgromadzenia Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego z 11 marca 1959, w uwzględnieniu wniosku Naczelnego Prokuratora Wojskowego, uchylono wyrok ze stycznia 1956, przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia sądowi pierwszej instancji. Ponowny proces rozpoczął się 10 grudnia 1959 przed Sądem warszawskiego Okręgu Wojskowego. Postanowieniem z 20 lipca 1960 zwrócono akta do uzupełnienia śledztwa, a decyzją Izby Wojskowej Sądu Najwyższego z 16 grudnia 1963 umorzono prowadzone postępowanie karne. Ponieważ nazwisko Chachlicy znajdowało się w spisie osób skazanych za szpiegostwo, podlegał on dalszej kontroli służb bezpieczeństwa i regularnej inwigilacji.