Podstawy doktrynalne Kościoła określone są w deklaracji teologicznej pt. Teologisk Grund för Equmeniakyrkan (Podstawa teologiczna Kościoła Ekumenicznego)Tekst deklaracji w języku angielskim na witrynie Kościoła Ekumenicznego - dostęp: 12 stycznia 2014. Składa się z 40 paragrafów. Głosi ona wiarę w Trójjedynego Boga, w jeden Kościół chrześcijański, przejawiający się w denominacjach i zborach chrześcijańskich, w protestancką naukę o zbawieniu, o pozycji Pisma Świętego, o dwóch sakramentach oraz o urzędach kościelnych: pastorskim i diakonackim. W Kościele dopuszczane są różne sposoby praktykowania Chrztu zgodnie z wolą lokalnego zboru oraz różne sposoby rozumienia obecności Chrystusa w Komunii Świętej. Praktykuje się pełną gościnność eucharystyczną – chrześcijanin każdego wyznania ma prawo przystąpić do eucharystii sprawowanej w Kościele Ekumenicznym. Ordynacja na urząd pastora i urząd diakona dostępna jest mężczyznom i kobietom.
Wierni i struktura