Zasadniczo warunkiem członkostwa w Kościele jest przyjęcie Chrztu, choć zbór Kościoła może przyznać członkostwo także osobie przygotowującej się do tego sakramentu (Teologisk Grund för Equmeniakyrkan § 16). Zbory Kościoła posiadają szeroko zakrojoną autonomię i są zarządzane demokratycznie przez ogół członków kierowanych przez pastorów. W 2013 roku Kościół posiadał 791 zborówProfil Kościoła na witrynie www.linkedin.com – dostęp: 12 stycznia 2014. Skupiają one ponad 80 tys. członków - taka rzesza członkowska powstała w oparciu o 63 tys. wiernych Szwedzkiego Misyjnego Kościoła Przymierza, ok. 17 tys. członków Unii Baptystycznej Szwecji i 4 tys. członków Kościoła Metodystycznego Szwecji.
Ustrój Kościoła można określić jako synodalno-kongregacjonalny, gdyż obok szerokich kompetencji zarezerwowanych dla zborów (parafii), kluczowe decyzje podejmowane są przez ogólnokrajowy organ synodalny, którym jest Konferencja Kościoła. Organem wykonawczym jest Konsystorz Kościoła. Na czele Kościoła stoi Lider Kościoła i Pomocniczy Liderzy Kościoła wybierani przez Konferencję Kościoła. Obecnie Liderem Kościoła jest pastor Lasse Svensson.