Za generalatu Bonagratii papież Marcin IV w bulli Ad fructus uberes z 13 grudnia 1281 wypowiedział się na temat wzajemnych relacji pomiędzy klerem diecezjalnym a mendykantami. Zakony żebrzące przez długi czas pozostawały niejako wyjęte spod jurysdykcji lokalnych biskupów, w odróżnieniu od pozostałej części duchowieństwa. Zakonnicy ci mogli bez żadnych ograniczeń głosić kazania i słuchać spowiedzi świętej wiernych we własnych kościołach klasztornych. Było to powodem napięć w diecezjach. Bulla, chociaż ograniczała dawanie przywilejów mendykantom w przyszłości, nie załagodziła jednak rosnących w tym względzie niepokojów, szczególnie we Francji, przede wszystkim w Paryżu.
Bullą Exultantes z 18 stycznia 1283 Marcin IV ustanowił urząd syndyków apostolskich. Syndycy, wybierani przez prowincjałów i kustoszy, mieli przyjmować w imieniu Stolicy Apostolskiej dobra ofiarowywane zakonowi. Byli również odpowiedzialni za regulowanie wydatków w imieniu zarządów prowincji, kustodii i konkretnych konwentów. Syndycy zastąpili więc nuncjuszy i prokuratorów. Regulacje prawne w tym względzie wymuszone zostały wzrostem liczebnym zakonu, co utrudniało zachowywanie przepisów reguły odnoszących się do ubóstwa. Zakonnicy zaczęli posiadać własne domy studiów, powstawały duże konwenty w miastach.