Biskupi zaczęli stopniowo odbierać parafie franciszkanom, ustanawiając w nich proboszczów z kleru diecezjalnego. Franciszkanie sprzeciwiali się tym zmianom. W latach 40. XX wieku w rękach dwóch bośniackich prowincji franciszkańskich pozostawało odpowiednio 63 i 79 parafii jurysdykcyjnie należących do ustanowionych diecezji w Sarajewie i Mostarze. Franciszkanie opierali się przez następne dekady, mimo papieskiego poparcia udzielonego ordynariuszom. W latach 70. XX wieku powstało stowarzyszenie Mir i Dobro, którego członkowie jawnie wyrażali swoją niechęć w stosunku do roszczeń kleru diecezjalnego.
W 1975, za pontyfikatu Pawła VI, Kongregacja Rozkrzewiania Wiary wydała dekret Romanis Pontificibus, nakazujący franciszkanom oddanie 52 parafii w diecezji mostarsko-duvnijskiej. Papież zostawiał w ręku braci mniejszych 30 placówek duszpasterskich. Franciszkanie w latach 80. wciąż obsadzali 40 parafii. W parafiach tych pracowało 80 zakonników. Stolica Apostolska odebrała zakonnikom prawo wyboru prowincjała i zabroniła przyjmowania nowych kandydatów do zakonu.