W latach 90. XX wieku jeszcze siedem parafii, które miały zostać przejęte przez księży diecezjalnych, wciąż pozostawało w rękach franciszkanów. Do Watykanu wezwano ministra generalnego Zakonu Braci Mniejszych, by rozpatrzyć sprawę podporządkowania się zakonników decyzjom dekretu Romanis Pontificibus. Podczas wizytacji generała większość zakonników wyraziła gotowość opuszczenia parafii i oddania ich w ręce kleru diecezjalnego. Generał przygotował odpowiednie rozporządzenia na piśmie. Kiedy jednak nowo mianowani księża przybyli do parafii, ludność nie chciała wpuścić ich do świątyń. Nowi duszpasterze spotkali się z wrogością, a nawet przemocą ze strony okupujących. Kilku opornych zakonników wydalono z zakonu za jawne złamanie ślubu posłuszeństwa. Kontynuowali oni jednak pełnienie funkcji kapłańskich.
W 1999 generał Giacomo Bini poinformował Watykan, iż przeprowadził odpowiednie czynności i wdrożone zostały postanowienia dekretu Romanis Pontificibus. W 2001 w Prowincji Wniebowzięcia NMP miała miejsce kapituła prowincjalna i wybór nowych przełożonych.