Miasto, w którym mieszka główny bohater jest miejscem sekretnej wojny toczonej przez dwie organizacje: Gaię i Guardiana. Gaia, znajdująca się pod patronatem grupy zajmującej się ochroną środowiska Martel, zrzesza ludzi o nihilistycznych i mizantropijnych poglądach, zdolnych do zawierania kontraktów z chowańcami, które objawiają się jako stworzenia zasilane siłami życiowymi swojego przywoływacza. Martel był dawniej grupą religijną utworzoną wokół kultu Świętej Kobiety i jej popleczniczek, którymi były dziewczęta z zaburzeniami rozwojowymi. Organizacja Guardian ma na celu niszczenie chowańców i składa się niemal wyłącznie z ludzi posiadających specjalne moce. Członkowie Gaii i Guardiana przybywają do Kazamatsuri w poszukiwaniu „klucza”, którym jest chowaniec Ziemi o imieniu Kagari, przybierający formę młodej dziewczyny w wieku licealnym. Kagari, główna bohaterka Rewrite, ma moc zainicjowania okresu ponownej ewolucji, który niszczy cywilizację obecnie znajdującą się na planecie i rozpoczyna rozwój innego inteligentnego życia. Odbywa się to przy wykorzystaniu energii Ziemi, jednak w czasie akcji Rewrite jest jej już na to za mało i próba dokonania ponownej ewolucji zniszczyłaby również Ziemię.