Gaia chce schwytać Kagari, aby dopilnować zagłady ludzkości, a członkowie Guardiana zamierzają ją zabić, pozwalając mieszkańcom planety na dotrwanie do momentu, w którym Ziemia „umrze” samoistnie z powodu stopniowego wyczerpywania się jej energii.
Bohaterowie Gracz wciela się w rolę Kotarou Tennoujiego, zdolnego i towarzyskiego ucznia drugiej klasy liceum. Kotarou jest superczłowiekiem posiadającym dwie zdolności: Rewrite i Aurora. Pierwsza pozwala mu na stałe zmienić strukturę i zmodyfikować każdą część swojego ciała, powodując zwiększenie jego siły i szybkości. Przy każdym użyciu tej zdolności Kotarou zużywa część swojej siły życiowej, co zbliża go do zostania chowańcem. Używając Aurory, może manipulować swoją energią w celu tworzenia broni, takich jak miecz lub szpon. Kotarou zostaje zaproszony do szkolnego klubu badań okultystycznych przez jego przewodniczącą, Akane Senri, trzecioklasistkę, która z powodu swojej tajemniczej natury określana jest przez innych uczniów mianem „szkolnej czarownicy”. Akane bez entuzjazmu podchodzi do fascynacji Kotarou zjawiskami nadprzyrodzonymi. Choć początkowo twierdzi, że w nie nie wierzy, później okazuje się wysokiej rangi przywoływaczem w Gaii. Akane zaprasza do klubu również Chihayę Ohtori, bardzo silną, ale niezdarną uczennicę drugiej klasy, która przeniosła się do ich szkoły.