Zajmując się po wojnie zagospodarowaniem nowego polskiego pobrzeża najbardziej interesował się Pobrzeżem Gdańskim, mieszczącym 71-kilometrowy odcinek granicy morskiej II RP – niewielki fragment całej 440-kilometrowej nowej granicy morskiej.

Dopiero po wizycie w Szczecinie w grudniu 1945 roku Eugeniusz Kwiatkowski wsparł starania władz zachodniopomorskich o pomoc finansową państwa dla Pomorza Zachodniego i o przyspieszenie przekazywania Polsce szczecińskich portów (zob. Port Szczecin i Port Świnoujście). W końcu lat 40. stwierdził jednoznacznie, że wszystkie polskie ośrodki morskie muszą być traktowane jednakowo (w roku 1947 założył Związek Gospodarczy Miast Morskich, którego tradycje kontynuuje Związek Miast i Gmin Morskich).

W końcu roku 1945 ZSP przejęło stocznię rzeczną Greifenwerft, tworząc Zakład nr 27 – Stocznia Gryf (październik 1945) i małą stocznię remontowo-produkcyjną Baltikwerft, tworząc Zakład nr 25 – Stocznia Bałtyk (grudzień 1945); oba zakłady zostały w następnych latach przekazane „Polskiej Żegludze na Odrze”.