Po sześciu miesiącach, w roku 1822, Foote opuścił West Point w stopniu oficera-kadeta US Navy.
Antebellum thumb|left|Dowodzony przez Foote’a USS „Perry” w starciu ze statkiem niewolniczym „Marta of Ambriz” 6 czerwca 1850 W latach 1822–1843 Foote służył na Karaibach, Pacyfiku, u zachodnich wybrzeży Afryki i w stoczni marynarki wojennej w Filadelfii. W roku 1830 − w czasie służby na Morzu Śródziemnym − otrzymał awans na porucznika. W 1837 Foote, na pokładzie fregaty USS „John Adams”, brał udział w rejsie naokoło świata. Następnie, po latach służby na morzu, został komendantem domu opieki nad marynarzami, Philadelphia Naval Asylum, ale już wkrótce wrócił na morze, gdzie wsławił się utworzeniem Temperance Society na pokładzie USS „Cumberland”. Ta grupa oficerów przekształciła się wkrótce w ruch antyalkoholowy, przyczyniając się do zaprzestania wydawania grogu marynarzom US Navy.
Od 1849 do 1851 roku Foote dowodził brygiem USS „Perry”, patrolującym wody afrykańskie. Aktywnie zwalczał rozpowszechniony w tym czasie handel czarnymi niewolnikami. To, co zobaczył na pokładach statków przewożących niewolników do Ameryki spowodowało, że stał się gorącym zwolennikiem abolicjonizmu;