W dniu 4 czerwca 1939 roku podporucznik Jan Serafin, wraz z delegacją 14 pp, uczestniczył w Lipnie w uroczystości wręczenia przez społeczeństwo darów na Fundusz Obrony Narodowej. W międzyczasie, w okresie od października 1938 roku do marca 1939 r., ppor. Jan Serafin pełnił służbę w warszawskim Batalionie Stołecznym.
II wojna światowa We wrześniu 1939 roku walczył w szeregach 144 pułku piechoty rezerwowego, w którym dowodził plutonem, a następnie kompanią. Brał udział w walkach z Niemcami pod Kutnem, Łowiczem, Żyrardowem, Modlinem, Mińskiem Mazowieckim i Starą Miłosną, gdzie został ranny w twarz. Następnie uczestniczył w obronie Warszawy. Po kapitulacji stolicy wyjechał do Lwowa, gdzie do 10 października 1939 roku ukrywał się przed sowieckimi służbami. W nocy z 19 na 20 października przekroczył granicę polsko-węgierską pod Jabłonicą. Na Węgrzech został internowany i przetrzymywany był w Egerze, skąd uciekł w dniu 21 listopada 1939 roku. W drugiej połowie listopada próbował bez powodzenia przekroczyć granicę z Jugosławią. Dopiero po otrzymaniu w Budapeszcie paszportu, przez Jugosławię i Włochy, dotarł w dniu 8 grudnia 1939 r.