W 1869 zatwierdził wzór flagi Nowej Zelandii, obowiązujący do dziś.
Wiktoria W 1873 powrócił do Australii jako gubernator Wiktorii. W latach 1877–1878 mimowolnie brał udział w kryzysie politycznym w kolonii, wynikającym z głębokiego impasu między obiema izbami parlamentu. Premier Graham Berry pragnął zreformować zasady wyboru i wynagradzania członków Rady Ustawodawczej, na co stanowczo nie chciała zgodzić się sama Rada. Premier Berry zdecydował się na wystąpienie do gubernatora o to, aby jednego dnia zwolnił wszystkich urzędników państwowych w kolonii, łącznie z policją i sędziami. Miało to doprowadzić do paraliżu kolonii i zmusić Radę do ustępstw. Bowen niechętnie przychylił się do tej prośby, a dzień masowych zwolnień (8 stycznia 1878) został nazwany „czarną środą”. Metoda okazała się skuteczna, doszło do porozumienia obu izb i ponownego przyjęcia zwolnionych do pracy, jednak Bowen uważał konieczność uciekania się do tak radykalnych środków za swoją osobistą porażkę.