Mauritius, Hongkong i Malta W 1879 przeniósł się na Mauritius, gdzie przez półtora roku zajmował stanowisko gubernatora. Po dwóch i pół roku w Anglii wyjechał na swoją ostatnią placówkę kolonialną, którą było stanowisko gubernatora Hongkongu. Pełniąc ten urząd, skupił się głównie na rozwoju nauki oraz opieki zdrowotnej, za jego kadencji powstały m.in. profesjonalne służby meteorologiczne w kolonii. W 1887 podał się do dymisji, motywując to pogarszającym się stanem zdrowia. Przebywał jeszcze przez pewien czas na Malcie, gdzie był członkiem komisji konstytucyjnej tej kolonii, po czym na stałe powrócił do Anglii. Został mianowany członkiem Tajnej Rady, lecz miało to wymiar głównie honorowy
Życie prywatne W 1856 poślubił Diamantinę di Roma, arystokratkę pochodzącą ze znamienitej weneckiej rodziny osiadłej na Wyspach Jońskich. W czasie wszystkich jego kadencji gubernatorskich Diamantina pełniła rolę pierwszej damy, zaś w czasie pobytu w Queensland uznawano ją za bardziej popularną i lubianą w społeczeństwie niż sam gubernator. Miał z nią sześcioro dzieci. W 1893 Bowen został wdowcem. Trzy lata później poślubił Florence White, również będącą wdową.
Śmierć W lutym 1899 w czasie pobytu w Brighton Bowen zapadł na zapalenie oskrzeli i zmarł już po dwóch dniach choroby. Miał 77 lat.