Przejąwszy dowództwo w Williamsburgu 29 marca rozpoczął przygotowywanie linii obronnej. Na początku czerwca udał się do Charlestonu, gdzie 28 czerwca, dowodząc patriotami, odparł brytyjski atak na Fort Moultrie. Wedle niektórych świadków obrona fortu była głównie zasługą naczelnego inżyniera, pułkownika Williama Moultriego. „Bohater Charlstonu”, jak nazywano po tym wydarzeniu Lee, sugerował wycofanie się, uważając, że zbudowany z bali palmowych fort będzie „rzeźnią” i nie oprze się atakowi.
W tym samym czasie angielski agent przysłał oprotestowane weksle na 3000 funtów, jako że posiadłości Lee zostały skonfiskowane. Kongres przyznał mu sumę 30 tysięcy dolarów w ramach rekompensaty, która miała zostać zwrócona w razie odzyskania mienia.
W sierpniu Lee dołączył do Waszyngtona znajdującego się w Nowym Jorku. Artemus Ward wycofał się ze służby, co czyniło Lee pierwszym po głównodowodzącym. Komenderując lewym skrzydłem armii podczas odwrotu Waszyngtona z Manhattanu oraz starcia pod White Plains Lee doszedł do wniosku, iż siły patriotów powinny się wycofać do New Jersey.