Dopiero 22 czerwca zrezygnował z patentu oficerskiego w armii brytyjskiej.
Lee, jako zawodowy żołnierz, gardził cywilnymi dowódcami i uważał Warda za „tłustego klechę”, siebie zaś postrzegał jako mentora niedoświadczonego w bojach Waszyngtona.
W tym czasie (7 czerwca 1775 roku) nawiązał ponownie korespondencję z Johnem Burgoynem, który zasugerował konferencję – jej celem miało być ustalenie warunków powrotu do pokoju między koloniami a koroną. Lee przedłożył propozycję tymczasowemu kongresowi Massachusetts, ale ten ją odrzucił.
Wraz z Waszyngtonem ruszył do Bostonu by przejąć dowództwo nad lewym skrzydłem armii i do grudnia 1775 roku sprawdzał się doskonale, budując umocnienia, musztrując oddziały i agitując za amerykańską niepodległością. Od grudnia do marca 1776 roku znajdował się w Newport, a następnie Nowym Jorku zagrzewając mieszkańców do walki i przygotowując pozycje obronne.
Po śmierci generała Richarda Montgomery’ego (31 grudnia 1775 roku) w lutym 1776 roku Kongres mianował Lee dowódcą amerykańskiej armii w Kanadzie, jednak 1 marca powyższe rozporządzenie zostało cofnięte. Zamiast tego otrzymał komendę nad Południowym Departamentem Armii, w którego skład wchodziły kolonie od Wirginii po Georgię.