Papież Marcin V zastrzegł jednak, iż kanonikami mogą być osoby pochodzenia arystokratycznego lub rycerskiego.
W 1460 r. budynki klasztorne zostały uszkodzone podczas walk arcybiskupa Teodoryka z Isenburga z palatynem reńskim Fryderykiem Wittelsbachem. Pod koniec XV w. kolejni arcybiskupi podejmowali starania w celu odbudowy kościoła. To wówczas prawdopodobnie wzniesiono potężny gotycki chór. Całkowitej przebudowy w stylu gotyckim nie udało się przeprowadzić. Wojny religijne kazały porzucić te plany. 29 sierpnia 1552 r. kościół i budynki klasztorne zostały splądrowane i spalone przez oddziały margrabiego Kulmbach Albrechta Alcybiadesa Hohenzollerna. Z pożogi ocalało jedynie gotyckie prezbiterium oraz odrobina ruin. W kościele zaprzestano odprawiania liturgii, a zgromadzenie kanoników (formalnie istniejące do 1802 r.) przenoszono pomiędzy kolejnymi mogunckimi kościołami.