Poglądy Tomasz Witkowski znany jest przede wszystkim z krytyki psychologii jako dyscypliny i jako praktyki – i daje jej wyraz w swoich publikacjach. Swoje podejście do nauki określa jako epistemologię subtraktywną. W październiku 2007, udając nieistniejącą francuską psycholożkę Renatę Aulagnier, opublikował na łamach miesięcznika „Charaktery” artykuł pod tytułem Wiedza prosto z pola. Praca ta była mistyfikacją podobną do parodii Sokala. Autor skomentował to potem w artykule Modne bzdury wciąż modne. Jego prowokacja stała się pretekstem do debaty o kodeksie etyczno-zawodowym psychologa i o statusie naukowym psychologii.
Jednym z przedmiotów jego krytyki jest terapia oparta na tak zwanym syndromie dorosłych dzieci alkoholików:
Tomasz Witkowski skrytykował również wartość naukową i praktyczną testów projekcyjnych; Polskie Towarzystwo Psychologiczne odpowiedziało na tę krytykę, ze względu na istotność tych narzędzi m.in. w opiniowaniu sądowym.
Jest zdecydowanym krytykiem NLP;