wykonane przez niego przeglądy wyników badań naukowych wskazują, że założenia NLP nigdy nie zostały empirycznie potwierdzone, a tym samym jest ono pseudonauką.
Jest zwolennikiem zastosowań sztucznej inteligencji i nowych technologii w psychologii.
W październiku 2025 r. studenci koła naukowego „Pragma” z Uniwersytetu Jagiellońskiego ze względu na wpisy Tomasza Witkowskiego na Facebooku dotyczące osób transpłciowych odwołali wykład, na który go wcześniej zaprosili. Swoją decyzję motywowali „bezpieczeństwem każdej osoby studiującej”. Rzecznik Praw i Wartości Akademickich UJ w zajętym w tej sprawie stanowisku stwierdziła m.in. „Sytuacja, w której naukowiec został zaproszony do wygłoszenia wykładu podczas wydarzenia naukowego, następnie zaś usunięty przez organizatorów z grona prelegentów, w związku z przypisanymi mu przez nich poglądami, nie mieści się w standardach akademickich.”
Nagrody W 2010 roku za swoją działalność został uhonorowany nagrodą Racjonalista Roku przyznawaną przez Polskie Stowarzyszenie Racjonalistów.
W 2020 roku został zwycięzcą naukowego plebiscytu Soczewki „Focusa” 2019 w kategorii aktywista.
W 2022 roku otrzymał pierwszą nagrodę w Konkursie Literackim im. J.I.