Jim Rossignol z serwisu Rock, Paper, Shotgun w artykule o grach eksploracyjnych z 2011 roku napisał, że rozgrywka Proteusa była dla niego jednym z najbardziej uroczych przeżyć, jakich doświadczył w grach niezależnych. W 2012 roku Rick Lane z IGN stwierdził, że gra jest rozkosznie odurzająca, wyjątkowa i intrygująca. Tom Francis z „PC Gamera” również pozytywnie ocenił ją w zapowiedzi, zwracając uwagę na jej zmieniającą się oprawę dźwiękową.
Po premierze Po premierze Proteus otrzymał głównie pozytywne recenzje, uzyskując w wersji na komputery osobiste średnią ocen 80/100 w agregatorze Metacritic oraz 78,08% w GameRankings. Krytycy chwalili szczególnie dynamiczną oprawę dźwiękową produkcji; uznaniem obdarzyli ją m.in. Oli Welsh z Eurogamera, Tom Senior z „PC Gamera” oraz Nathan Grayson z IGN, którzy stwierdzili, że prowadziła ich ona przez rozgrywkę. Magazyn „Edge” ogólnie ocenił muzykę w grze pozytywnie, stwierdził jednak, że nigdy tak naprawdę się ona nie rozkręca, głównie przez brak dźwięków perkusji podczas większości pór roku. Tomasz Kutera z serwisu Polygamia stwierdził, że był to dla niego „absolutnie uroczy, przejmujący album ambientowy, który po części sam stworzył”.