Wojciech Mroczek z polskiej wersji Eurogamera porównał grę do pozytywki, która „wygrywa dźwięki niecodzienne, ale jednak łagodne w odbiorze i wprowadzające w przyjemny stan”. Serwis Shacknews umieścił Proteusa na siódmym miejscu swojej listy najlepszych gier 2013 roku, porównując go do metafory życia.
Mieszane reakcje spowodowały długość gry oraz jej atrakcyjność przy kolejnych rozgrywkach. John Robertson z GameSpotu stwierdził, że nie był skory do jej ponownego przejścia, a zdaniem Seniora następne rozgrywki były bardzo do siebie podobne. Daniel Bloodworth z GameTrailers uznał jednak, że losowo generowane wyspy pozwalają graczom na odkrycie rzeczy, które poprzednio przegapili, a Grayson przyznał, że powtarzał grę wiele razy. Kutera w swojej recenzji napisał, że nie czuje potrzeby wracania do tego świata, choć nie żałuje czasu, jaki w nim spędził.
Wersje na PlayStation 3 i PlayStation Vita również spotkały się z pozytywnym odbiorem. Serwis Pocket Gamer wystawił jej najbardziej pochlebną recenzję, chwaląc dodatkowe funkcje dostępne na konsolach, choć zwrócił uwagę na miejscowe problemy z wydajnością.