Odniósł tam spore sukcesy, chodząc od wsi do wsi i rozdając leki.
Pragnął zrobić doktorat, wrócił więc do Montpellier. Jednak jego sława przyszła tam pierwsza, a zazdrosne środowisko lekarzy postanowiło uniemożliwić mu dalszą karierę naukową. Wyśmiewali jego umiejętności: leczenie ziołami i nieznanymi specyfikami nie mogło spodobać się lekarzom, którzy swoją praktykę opierali głównie na upuszczaniu krwi (Nostradamus był temu przeciwny). Mimo wszystko (głównie dzięki wstawiennictwu pacjentów oraz innych studentów) otrzymał doktorat i przez rok został na uniwersytecie jako wykładowca. W 1533 roku otworzył prywatną praktykę w Agen, małym miasteczku nad Garonną.
W 1531 Nostradamus został zaproszony do Agen przez Jules-César Scaligera, uznanego renesansowego myśliciela. Tam poznał piękną, inteligentną i zamożną kobietę, Henriette d’Encausse (w sprawie imienia i nazwiska tej kobiety istnieją jednak spory wśród badaczy), z którą się ożenił. Z małżeństwa tego narodziło się dwoje dzieci. W 1534 r. żona i dzieci zmarły, prawdopodobnie na skutek wielkiej zarazy.
Po ich śmierci kontynuował podróże po Francji i prawdopodobnie po Italii.