W początkach działalności muzeum nosiło nazwę Zbiory Historyczne Ziemi Wadowickiej. Funkcjonowało ono jednak bez osobowości prawnej, podlegając, zgodnie z ustawą o samorządzie terytorialnym, bezpośrednio pod Zarząd Miasta. Dyrektorem placówki była Janina Szkutnik. Instytucja gromadziła pamiątki i materiały historyczne dotyczące Wadowic oraz prowadziła działalność edukacyjną i naukową, wydając publikacje. Muzeum znajdowało się wówczas w stadium organizacyjnym. Pod koniec 1994 roku nowym dyrektorem został Piotr Wyrobiec i do połowy 1996 roku placówka funkcjonowała bez specjalnego wyodrębnienia w formie uchwały czy statutu, kiedy to na mocy ustawy o upowszechnianiu kultury, powołano instytucję o nazwie Zbiory Historyczne Ziemi Wadowickiej. Rok później zaczęto wydawać Przegląd historyczno-kulturalny "Wadoviana", poświęcony głównie historii miasta. W październiku 2000 roku doszło do połączenia ZHZW i Wadowickiego Domu Kultury w jedną instytucję – Wadowickie Centrum Kultury im. Marcina Wadowity – od tego czasu Muzeum pod nazwą Muzeum Miejskie działa jako integralna część tej instytucji.