Zbiory Zbiory Muzeum bazują na eksponatach zgromadzonych do 2000 roku przez Zbiory Historyczne Ziemi Wadowickiej oraz na muzealiach pozyskiwanych – zarówno poprzez zakupy, jak i darowizny – przez cały okres działalności placówki. Pierwszą pozycją odnotowaną w Księdze Inwentarzowej jest odznaka z dokumentem za II spis powszechny ludności w 1931 r. zakupiona w krakowskim gabinecie numizmatycznym. Aktualnie kolekcja Muzeum liczy ponad 3 tysiące eksponatów, na które składają się m.in. obrazy, grafiki, archiwalne dokumenty (dyplomy, świadectwa), książki, fotografie, pocztówki i mapy związane z historią Wadowic oraz okolicy. Ponadto muzeum posiada m.in. unikatową kolekcję numizmatyczną monet i medali upamiętniających pontyfikat św. Jana Pawła II, kolekcję pamiątek związanych z pierwszym lotem Polaka w kosmos, zbiór geologiczny meteorytów, tektytów i minerałów.
Malarstwo i rzeźba Muzeum Miejskie posiada w swoich zbiorach obrazy (oleje, akwarele), ryciny, grafiki, litografie oraz rzeźby i kafle artystów związanych głównie z miastem i ziemią wadowicką. Na kolekcję składają się m.in.