W sierpniu 2015 Ayestarán powrócił do Meksyku, zostając trenerem mistrza kraju – klubu Santos Laguna z miasta Torreón. Po przejęciu tej pogrążonej w kryzysie drużyny, na dłuższą metę nie potrafił odmienić słabej gry zespołu, odnosząc tylko trzy zwycięstwa w jedenastu ligowych meczach. Po trzech miesiącach, w listopadzie 2015, zrezygnował ze stanowiska trenera Santosu Laguna, przyznając, iż objął ekipę w nieodpowiednim dla niej czasie.
W lutym 2016 roku Ayestarán powrócił do Valencii stając się asystentem trenera Gary’ego Neville’a.
30 marca 2016 roku po zwolnieniu Gary’ego Neville’a Ayestarán został trenerem Valencii.. 20 września 2016 roku został zwolniony z tej funkcji
28 września 2017 roku został trenerem UD Las Palmas. 30 listopada 2017 roku został zwolniony z tej funkcji.
Statystyki KlubKraj.SezonLiga.Puchar kraju.Międzynarodowo.OgółemRozgrywkiRozgrywkiRozgrywkiEstudiantes TecosA2013Ascenso MX724129%Copa MX210150%—–––––934233%C2014Ascenso MX22711432%Copa MX621333%—–––––28912732% Ogółem 29915531%831438%–––––371216932%Maccabi Tel Awiw2014/15Ligat ha’Al36219658%Puchar Izraela651083%—–––––443010468%Toto Cup4400100% Ogółem 36219462%1091090%–––––463010665%Santos LagunaA2015Liga MX1134427%—–––––Liga Mistrzów2200100%1354438% Ogółem 1134427%–––––2200100%1354438% Łącznie 7633281543%18122467%2200100%9647301949%