Stosunkowo szybko jednak okazało się nowa droga wodna nie spełnia swej roli. Szczególnie zbyt małe wymiary śluz komorowych na szlaku okazały się przeszkodą w sprostaniu potrzebom transportu wodnego i jego dynamicznego ówcześnie rozwoju. Niewystarczające okazało się także zabezpieczenie przeciwpowodziowe miasta, szczególnie w kontekście ekstremalnej powodzi jaka miała miejsce w 1903 r. W tym stanie stosunkowo niedługo od zakończenia tej inwestycji rozpoczęto i przeprowadzono nową dużą inwestycję hydrotechniczną we Wrocławiu, tzw. II kanalizację Odry we Wrocławiu, w wyniku realizacji której powstała nowa droga wodna (przez Kanał Żeglugowy i Kanał Różanka) oraz powstały nowe elementy przeciwpowodziowej infrastruktury technicznej (Kanał Powodziowy, Przewał Widawski). Po ukończeniu II kanalizacji Odry we Wrocławiu znaczenie Wrocławskiego Szlaku Miejskiego znacznie zmalało.