Irkuckie muzeum przekształciło się w ośrodek badania Syberii i obszarów przyległych co związało się z otwarciem w Irkucku w 1851 r. Syberyjskiego Oddziału Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego, która to instytucja przeniosła się do budynku muzeum w 1854 r. Począwszy od lat 60. XIX wieku z działalnością muzeum związali się polscy zesłańcy: Benedykt Dybowski, Wiktor Godlewski, Aleksander Czekanowski i Jan Czerski, którzy za swe zasługi w poznawaniu Syberii otrzymali złote medale Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego. W dziedzinie badań archeologicznych zasłużył się Mikołaj Witkowski. Cechą charakterystyczną ówczesnej działalności muzeum było systematyczne badanie azjatyckiej części Rosji, głównie Syberii Wschodniej i Rosyjskiego Dalekiego Wschodu, do których to terenów organizowano wyprawy: R. Maaka (w 1853), A.P. Szczapowa (w 1856), D. Klemienca, G. Potanina, N. Jadrincewa, I. Łopatina i P. Kropotkina.