W latach 1986–1989 Grzybowski kierował Biurem ds. Kontroli i Rewizji Centralnej Komisji Kontrolno- Rewizyjnej PZPR – organu, który miał szczególne znaczenie w okresie narastającego kryzysu politycznego i społecznego. Do jego obowiązków należało m.in. koordynowanie kontroli problemowych, analiza nieprawidłowości w strukturach partyjnych, a także przygotowywanie raportów dla kierownictwa KC. W tym czasie współpracował także z innymi wydziałami odpowiedzialnymi za kwestie ideologiczne i organizacyjne.
W 1989 roku powierzono mu funkcję zastępcy kierownika Wydziału Ideologicznego KC PZPR – jednej z najbardziej wpływowych komórek aparatu partyjnego, odpowiedzialnej za kształtowanie polityki informacyjnej, analizowanie nastrojów społecznych oraz koordynację działań propagandowych partii. Stanowisko to wiązało się z wysokim poziomem zaufania ze strony kierownictwa KC.