Jesienią 1989 roku, w okresie intensywnych zmian politycznych, Grzybowski objął funkcję kierownika Kancelarii Sekretariatu KC PZPR. Odpowiadał wówczas za organizację pracy Sekretariatu, obieg dokumentów, przygotowanie materiałów dla najwyższego kierownictwa partyjnego oraz koordynację kontaktów między wydziałami aparatu centralnego. Jako kierownik Kancelarii był jedną z najbliższych osób współpracujących z I sekretarzem KC PZPR, Mieczysławem Rakowskim. Jego poprzednikiem na tym stanowisku był Bogusław Kołodziejczak, a funkcja przestała istnieć po formalnym rozwiązaniu PZPR w styczniu 1990 roku.Włodzimierz Janowski, Aleksander Kochański: Informator o strukturze i obsadzie personalnej centralnego aparatu PZPR 1948–1990, ISP PAN, Warszawa 2000, s. 106.
Pełniąc funkcje kierownicze w aparacie partyjnym, uczestniczył również ze strony władz w rozmowach w Magdalence, które stanowiły część procesu negocjacji między przedstawicielami rządu PRL i opozycji demokratycznej w 1989 roku.