W kolejnych latach (po ukończeniu studiów) zajmował stanowiska: od czerwca 1951 roku – kierownika wydziału kadłubowego, w którym rozpoczynano rozwój produkcji eksportowej, a następnie zastępcy szefa produkcji, od września 1952 roku – dyrektora Stoczni im. Komuny Paryskiej (Stocznia Gdynia) (remonty i budowa nowych jednostek). W latach 1955–1956 opracował – wspólnie z prof. J. Doerfferem – koncepcję rozbudowy i przekształcenia Stoczni im. Komuny Paryskiej w zakład wyspecjalizowany w budowie dużych jednostek.
Praca zawodowa w Szczecinie Na początku roku 1957 Eugeniusz Skrzymowski zamieszkał w Szczecinie. Pracował do roku 1964 w Stoczni Szczecińskiej, a następnie – w Politechnice Szczecińskiej. Stocznia Szczecińska thumb|240px|Suwnica bramowa Stoczni Szczecińskiej W latach 1957–1962 dyrektorem Stoczni im. Warskiego był Henryk Jendza, który organizował produkcję dużej liczby statków na zamówienie ZSRR na terenie poniemieckich zakładów AG Vulcan Stettin i Stettiner Oderwerke (zniszczonych w końcowym okresie II wojny światowej). Eugeniusz Skrzymowski został początkowo szefem technicznym, a następnie dyrektorem technicznym.