Kierował zespołem, który opracowywał (we współpracy z Jerzym Doerfferem) i realizował długofalowy program tworzenia w Szczecinie nowoczesnego ośrodka stoczniowego, który mógłby konkurować ze stoczniami Finlandii, Norwegii i innych krajów zachodnich. Program obejmował modernizację rejonu byłej stoczni „Odra” (procesy obróbki stali i prefabrykacji sekcji kadłuba) oraz odbudowę i modernizację obiektów byłej stoczni „Wulkan”. Przyjęto, że nośność największej produkowanej jednostki będzie wynosić 25 tys. DWT. Postanowiono zastosować suwnice bramowe o udźwigu 100 ton. E. Skrzymowski był również inicjatorem i głównym autorem blokowej metody budowy jednostek o nośności 10 i 14,5 tys. DWT (znaczne skrócenie cyklu budowy). Po śmierci Henryka Jendzy (1962) przez dwa lata był dyrektorem Stoczni Szczecińskiej.
W roku 1964 zrezygnował z pracy w stoczni i przeszedł do pracy naukowej i dydaktycznej. Przyczyną tej decyzji był z jednej strony – konflikt z kierownictwem politycznym województwa, z drugiej – decyzje władz centralnych, dotyczące konieczności uruchomienia kierunku okrętowego w Politechnice Szczecińskiej.