W 1994 sobór powrócił w ręce eparchii irkuckiej. Rozpoczęto odprawianie nabożeństw – początkowo w kaplicy Świętych Apostołów Piotra i Pawła. W Wielkanoc 1995 został ponownie konsekrowany przez biskupa irkuckiego Wadima. W 2003 otrzymał nowy wygląd – mistrzowie malarscy zakończyli malowanie elewacji, a także rozpoczęli malowania wnętrza (sklepienia i refektarza). Prace objęły łącznie prawie 300 metrów kwadratowych nawy głównej.
Architektura Sobór Objawienia Pańskiego, tak jak pobliska Cerkiew Zbawiciela, zawiera w sobie tradycje starych rosyjskich cerkwi podmiejskich. Szczególnie oryginalna jest ornamentyka, w której zlewają się staroruskie wzory, barokowe motywy oraz elementy zapożyczone ze sztuki narodów Syberii. Uważana jest za „prekursora syberyjskiego baroku”. Po raz pierwszy na Syberii użyto tu płytek holenderskich do ozdobienia elewacji – około 300 z nich przedstawia kwiaty oraz postacie z bajek i mitologii syberyjskiej ludności. Wewnątrz znajdują się polichromie, sceny Narodzenia i Objawienia Pańskiego, Tysiąclecia Rosji: w tym świętych, bohaterów, proroków i męczenników rosyjskich.