Kapitanie otwarte były na swobodną wymianę zewnętrzną, jednak tylko kapitanowi i kolonistom wolno było handlować z tubylcami.
Zasiedlenie thumb|Brezylka ciernista thumb|Plantacja trzciny cukrowej Zadanie okazało się niezwykle trudne i tylko dziesięć kapitanii zostało zasiedlonych jeszcze w XVI wieku. Jedynie dwie odniosły bezsporny sukces jeszcze przed 1550 (São Vicente i Pernambuco), a z pozostałych trzy szybko podupadły (São Tomé, Maranhão–Rio Grande i Bahia). Podstawowym problemem okazało się pozyskanie osadników, z których sporą część stanowili tzw. degredados, czyli zwykli kryminaliści. Nie bez znaczenia pozostawała również kwestia zarządzania i finansowania.
Kolejną przeszkodą okazały się relacje z tubylcami. Podczas gdy w okresie wcześniejszym nastawienie obydwu stron było przyjazne, próba przymuszenia Indian do pracy na roli wywołała ich sprzeciw i agresję.
Nie zażegnawszy zagrożenia ze strony Francji w 1548 Jan III powołał Gubernatora Generalnego Brazylii. Jego zadaniem było ustanowienie bardziej scentralizowanej administracji, koordynującej również działania kapitanii. Nie oznaczało to jednak całkowitej rezygnacji z tej formy zarządzania, a niektóre z domen przetrwały aż do XVIII wieku.