KBN został ostatecznie włączony w struktury ministerstwa 5 lutego 2005, stając się jego Radą Nauki. Jego ostatnim przewodniczącym był profesor Michał Kleiber, który równocześnie był ministrem nauki. Struktury KBN przeszły do ministerstwa w formie nieco zmienionej, choć w zasadniczych zrębach Rada Nauki jest w dużym stopniu kopią struktur KBN.
Najważniejszą częścią działania KBN było rozdzielanie niemal całości środków finansowych przeznaczanych przez budżet państwa na rozwój i utrzymanie nauki w Polsce. KBN rozdzielał pieniądze na tzw. cele statutowe uczelni i państwowych instytutów naukowych, na rozwój infrastruktury naukowej (biblioteki, sieci komputerowe itp.), organizował wymianę międzynarodową oraz uczestniczył w pracach związanych z integracją Polski z Unią Europejską. Do zadań KBN należało bezpośrednie finansowanie badań naukowych w postaci grantów. Granty te stanowiły w latach 1991–2005 znaczną część środków budżetowych na naukę (ok 30%), a polityka ich przyznawania określała w dużym stopniu kierunki rozwoju nauki w Polsce. W 1991 nakłady na naukę wynosiły 2,5% budżetu, a w pierwszym pełnym roku funkcjonowania KBN – 1992 – spadły do 1,9%, by w 1995 osiągnąć rekordowo niskie 1,6%.